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航母大量损失，攻击美军的航空兵只能选择前往特鲁克岛，这直接导致了日军航空兵失去了机动能力。
铺天盖地的战斗机、轰炸机扑向日军主力舰队，小泽治三郎出动了所有战斗机，护航的战列舰、巡洋舰、驱逐舰也拼命发射着高射炮弹，但这依然无法阻止航母和飞机数量占据绝对上风的美国海军潮水般的进攻。
造成这一后果的，不是中国战区，而是太平洋战区，在瓜岛争夺战之后，美国海军开始实施跳岛进攻战略，第一目标，便是日本海军联合舰队司令部所在地－特鲁克岛。
这之后，郑云喜都不知道怎么熬过这两个月，正如赵子赟说的，很多人都难以承受，这种用自己国民活体试验得到的数据，让他们倍感煎熬，好在相互鼓励，算是挺了下来，将一份份数据和研究，转化为可以让外界接受的研究报告，战后，当赵子赟要给他们发勋章时，遭到集体抵制，孙柳溪说，就让这件事成为永久的秘密吧。
战役初始，小泽治三郎以特鲁克岛为诱饵占据了主动，诱使美军舰队向该地发动进攻，随后，他派出前卫舰队，拥有巨无霸战列舰大和号、武藏号的前卫舰队一出现在雅浦岛方向，就给美军第五舰队带来巨大压力，斯普鲁恩斯不得不排出大量战机，应对从侧翼插过来的栗田健男前卫舰队，要是让这两艘战列舰突入美军阵型，那就是灭顶之灾，以此同时，他下令舰队东移，准备迎战日军的主力舰队。
此时不痛打落水狗，就对不起那些战死的将士了，马克·米切尔命令迎战日军侧翼舰队，为确保大和、武藏的安全，栗田健男不得不下令后撤，美军航空兵一路追打，将千代田号航母和受伤航速极慢的金刚号战列舰、鸟海、摩耶号重巡洋舰送入海底，两个小时后，双方彻底脱离，海战结束。
特鲁克海战，是中美双方最大规模的航母对决，山本五十六出动了十艘航母，其中大中型航母五艘，斯普鲁恩斯第五舰队则有十五艘航母迎战，大中型航母七艘，此时的美国海军，还只有少量可以完胜零式战机的地狱猫，也正因为如此，拥有二百五十架零式战机的特混舰队司令小泽治三郎认为他有机会一举歼灭美军太平洋主力。
另一头，第五十八特遣舰队总司令马克·米切尔也孤注一掷，派出所有轰炸机、鱼雷机，战斗机在舰队上空警戒，全然不管高速赶来的大和、武藏，他要一举先打垮小泽治三郎的航空母舰群。
没有护航战斗机的美军战机从各个方向发动了进攻，一个小时内，隼鹰号、龙凤号相继沉没，凤翔号、苍龙号又挨了几颗炸弹和鱼雷，完全损毁，至此，小泽治三郎的主力舰队只剩下云鹰号一艘大型航母。
最终，所有记录被封存，成为特别安全局二号任务，只有当所有涉事人员离开人世，特别安全局才能公开这个秘密，八十年后，随着这段历史解密，中华大地震惊，并对参与此事的人员报以无比的崇敬，正是他们的付出，奠定了一个基础，这不光光是铸就了中华医学的腾飞基础。也许是无法安抚内心，这些人拒绝了他们医学上能获得的一切奖励，淡泊名利，将希波克拉底誓言当做唯一准则，并影响了整个蒙疆医学界，他们的学生，持续着老师留下的传统，他们与从事军工和秘密研究的那一代年轻人，共同为科学界划定了一条界限，一条追逐名利者，难以逾越的界限。
此一战，日本海军损失了七艘航母，美军三艘，飞机方面一比二，日军损失了三百多架，航母损失，迫使大量舰载机，降落在特鲁克岛。
挟大胜之余威，斯普鲁恩斯命令舰队立刻攻击特鲁克岛，炸毁机场跑道，阻止日军航空兵的反击，轰炸机不顾危险，夜里起飞，扑向克鲁特岛，随着机场跑道被摧毁，斯普鲁恩斯才松了口气，至少这一夜，可以安稳了。
接下来几天，第五舰队继续发动攻击，日军这个永不沉没的航空母舰遭到重创，重要设施被炸毁，内海中沉没了大量的运输舰、补给舰，油轮泄露的油覆盖了整个海湾，日军航空兵损失了几乎全部战机，不过，第五舰队也损失了两百多架战机，也失去了持续攻击的能力，眼见特鲁克岛就差一步拿下，斯普鲁恩斯也只得放弃这一打算，下令撤退，现在，他不用再担心日本的海军了，至于特鲁克，休整后再来就是。
六月的特鲁克海战令美国上下精神大振，让日本人愁云惨布，小泽治三郎成了替死鬼，不得不切腹谢罪，山本五十六遭到严厉斥责，对此，山本无可奈何，美国人强大的实力已经体现，要是不调大凤、飞龙号航母战斗群去渤海湾，并且陆航不抽调太平洋上各地战机，也许特鲁克是另外一种结果，现在说什么都晚了，好在国内清楚认识到，美国人的威胁要比中国人大，再怎么，中国人也无法跨越大洋，向日本本土发动进攻。
一旦特鲁克丢失，美军进逼到马里亚纳群岛，那么，美国的远程轰炸机将能够攻击日本本土，这一防御圈必须守住，山本现在手上有足够的资源，他开始全力防守太平洋一线，这也是满洲再无航空兵团增援的原因，东条和裕仁嘴上不承认，但心底已经放弃了满洲，守住朝鲜就行，当然，他们心底还是抱有一丝希望，希望山本创造奇迹，击败美国太平洋舰队，到时候，就可以回头收拾满洲残局。
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